中藥超微粉碎機的工序應分為，若中藥處于潮濕的狀態，則先將進行烘干處理。因為中藥粉碎前含水份若高于百分之十，在粉碎過程中二次吸收水份，易出現粘連或以固體的形式存在。不利于進行超微粉碎。在超微粉碎前物料邊角不大于10mm，若大于10mm好先進行切片處理或進行1-2分鐘的粗粉，這樣有利于進行超微粉碎，可以在短的時間內達到微粉效果。總之以上影響超微粉碎效果的各方面原因可以總結成研磨介質、物料性質、進料之前的處理，重要的是選用哪種設備來進行超微粉碎。
中藥超微粉碎機采用多項先進技術及運用高速撞擊力和剪切力，使物料在磨筒內受到介質的高加速度撞擊、切磋、擠壓、切割等作用，可在短時間內達到理想的粉碎效果。物料在粉碎過程中呈流態化，使每一個顆粒具有相同的受力狀態，在粉碎的同時達到精密混合（分散）的效果。經過調節加速等參數，可以實現以粉碎研磨為目的或精密混合（混合）為主要目標的作業。
中藥超微粉碎機采用振動粉碎的工作原理，在磨筒（粉碎室）中裝填一定數量的研磨介質，如硬質材料的球、棒或柱，磨筒在外加激振力的作用下產生的順逆時針方向的圓振動。磨筒的強烈振動使磨筒內介質產生拋擲運動，在此拋擲運動的作用下，使每個介質都產生了與圓振動同向的旋轉運動，與此同時，介質群也產生3-5周與圓振動反向的低頻公轉運動。于是介質時而散開，時而互相沖撞，對物料產生的正向沖擊力p和側向剪切力L。物料在P、L作用力的撞擊、壓縮和剪切作用下被研細、破壁粉碎。
